小志（由松本理嘉配音）、小刚（由上田裕二配音）和小霞（由井冈康夫配音）在他们通常的学习之旅中来到奥多马尔水城参加激烈而激动人心的水上比赛。奥多马尔流传着一个奇妙的传说。很久以前，岛上的一对老夫妇收养了一对孤儿兄弟姐妹。当邪恶的灵魂出现时，两兄弟姐妹变成了强大的神奇宝贝拉提斯和拉提斯。他们打败了邪恶的

小志、小霞、小建和皮卡丘来到了橘子岛。在途中，他们遇到了一场风暴，把他们吹到了亚洲岛。当他们来到这里时，村民们正在举行仪式。仪式上，晓芝从弗洛拉嘴里听到了一个古老的传说：“火神、雷神和冰神不得擅自触摸

小美和她的父亲斯诺顿博士在绿野中过着相互依赖的生活。有一天，医生意外拿到了一个神秘的木刻版，结果她的下落不明，让小美独自过着孤独的生活。小梅不小心将文字排列在木刻板上，并将其转化为强大的“未知图腾”。为了抚慰小美孤独的心，未知的图腾创造了一个快乐的幻觉，让小美深深卷入其中。随着时间的流逝，小美的故居

在千年彗星之夜，我的愿望将实现……立志成为优秀神奇宝贝培训师的小智、小姚和小升与皮卡丘一起踏上了新的征程。为了观看千年彗星的出现，我来到恩斯特游乐园，遇到了魔术师巴特勒和黛安。在魔术表演中，小生听到一个微弱的声音……这就是神奇宝贝kilaqi，数千年来一直睡在睡眠的茧中，可以帮助人类实现他们的愿望。