从前有个小镇，那里居住着一个勇敢善良的女孩和许多奇怪的生物。女孩因为对神秘岛屿的痴迷，经常面对父母的不解离家出走去探索。一天，女孩来到了神秘岛屿，发现这里隐藏着一个神奇的秘密：岛上的植物和动物都有着不同寻常的能力。而这些生物的力量正是从一个神奇的魔法宝石中发出的。女孩遇到了一个善良的精灵，他告诉女孩

高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向